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 -> JEMBOSS User manual -> 安裝與操作
JEMBOSS 系統簡介
安裝 Java Web start 基本設定及操作 使用手冊
 
JEMBOSS 是以 Java 為圖形輸出介面執行 EMBOSS 程式,使用者須先安裝 Java Web Start 於自己的主機中。使用者可依照個人電腦的作業系統選擇適當的 Java web start 程式,JEMBOSS 目前支援 Windows, Unix, 以及 MacOS X作業系統。Mac電腦如安裝 MacOS X等級以下將無法使用 JEMBOSS。JEMBOSS 為 HGMP 與 EMBOSS 合作撰寫的使用介面,目前 JEMBOSS 服務已更新至 Jemboss 1.0 版本。HGMP 歡迎使用者以 email 提供改進意見。
一、安裝Java web start
一般個人電腦皆已隨機安裝了 Java 1.3 (或以上版本),使電腦可以跑 Java程式 (但若使用 Windows XP 作業系統的使用者,可能並未含有 Java,詳細情形請參見 SeqWeb 常見問題集) 。然而如果要使用 JEMBOSS程式,還必須安裝 Java Web Start,步驟如下:
進入 JEMBOSS 網頁,點選 Java web start 連結。
網址:http://bioinfo.nhri.org.tw:8080/jnlp/
下載 Java Web Start Developer Pack 1.0.1_02 :
至 SUN Java 網站下載,依據網站指示下載 Java Web Start Developer pack,步驟請參考下圖。
 
 
按下 download 的選項之後,下一頁則會告知一些訊息,接著再下一頁則是對 J2SE 程式的 一些著作權及注意事項的宣告,必須要按下同意(accept)的按鈕才能下載程式,請謹記:
 
選擇適當的目錄存取 Javaws-1.0.1_02 執行檔
存取完後直接執行進行安裝,遵照 default 值即可
此時您的電腦桌面上出現右圖,表示已安裝完成
(Note: 較舊之 Java Web Start 版本安裝完會出現右圖圖示,但 Javaws-1.0.1_02 安裝完可能不會)
注意事項:
  PC 效能會影響 JEMBOSS 執行效率:
  由於 JEMBOSS 是將 Java 執行程式放在個人 PC 執行,所以 PC 的 CPU 以及 RAM 會影響程式執行的效率。建議 PC 為 886MHz,Pentium III(或同等級)、256 MB RAM以上,跑起 Java 程式來才不會顯得吃力。
Java web start可能影響網頁瀏覽:
  JEMBOSS 所使用的 Sun Java J2SE 1.4.1有時會與 IE 中 windows java virtual machine 相衝突,可能造成部分 Java 程式執行時產生錯誤。此時使用者可以在 IE 的
工具→網際網路選項→進階 的選項中,將 Java (Sun) J2SE 關掉,以避免困擾。其步驟如下圖所示:
 
 

二、基本設定
請至 JEMBOSS 首頁,點選 Launch JEMBOSS,出現登入視窗後輸入帳號密碼,並於 server setting 視窗取消 proxy 設定,即可進入 JEMBOSS 程式。如您並未設定 proxy,則關閉 server setting 視窗即可。
帳號密碼:
  國衛院之 GCG 使用者,可利用 GCG 帳號密碼登入 JEMBOSS。如果您沒有帳號 ,請至國衛院 GCG 帳號申請網頁申請帳號。
主畫面:
  JEMBOSS主畫面分為三欄,左邊為程式表列區,中間為程式執行區,右方為檔案區。 左邊程式表列區上方是程式類別的連結表列,中間為輸入程式名稱的地方,key in 程式名稱後按 "go",程式會被呼叫到中間的執行區來執行。右方檔案區視窗是隱藏起來的,要點選中間下 方的紅藍箭頭按鈕才會展開。JEMBOSS程式執行時可以選擇使用 batch mode (背景執行),或於使用中視窗執行 (interactive mode),選擇按鈕位於紅藍箭頭左邊。
 
檔案管理:Home directory 設定
  JEMBOSS可以將您在自己的 PC 中存放序列檔案的資料夾,直接設為 JEMBOSS 存取序列檔案的home directory,接下來的序列分析結果都可利用file-save to local file的功能存放在這個home directory中, 設定方法如下:
  建立JEMBOSS專用資料夾 :
  在您的個人電腦中用檔案總管新增一個JEMBOSS分析用的資料夾。例1:D:\JEMBOSS\seqdata
在JEMBOSS檔案系統新增一個資料夾:
  點選主畫面又下方紅藍箭頭打開JEMBOSS檔案視窗,點選檔案視窗畫面最上方 user 資料夾,按住滑鼠右鍵,選擇 new folder。此時跳出 new folder 視窗,輸入新資料夾名稱 (例 2:seqdata),按 "確定",檢視右方畫面,即可在 user 目錄下看到建好的新資料夾。
點選主畫面左上方 preference,選擇 advanced options
此時跳出設定 local home directory 視窗,將正確的路徑輸入。
  例 1需要輸入 D:\JEMBOSS\seqdata,例 2則只需要在視窗中顯示的路徑後面加上 \seqdata 即可。輸入完畢後按 "確定" ,檢視右方畫面,即可看到建好的新資料夾已經成為主目錄 (可參考下圖範例 )。
 
 
結果檢視與存檔:File工具列
Saved results:
  每次 login JEMBOSS之後的分析結果會暫存於主機中,點選saved result可以檢視分析結果清單,點選清單中的檔案後再按 display,即可檢視分析結果,然後在結果畫面點選 save to local file,輸入正確的路徑(default 會顯示設好的 home directory),即可將檔案存到自己的PC中。若點選 save to remote file,則此檔案及存入主機中。
Local and remote files :
  要檢視所有經過儲存的檔案,可以點選local and remote file,主畫面的右邊會出現上下兩個視窗,上方是local files,下方則是remote files。檔案可以用拖曳的方式,在二個視窗的資料夾之間以copy-paste的方式互相存取。

三、使用手冊
如果需要更進一步了解 EMBOSS 程式,可以點選 JEMBOSS的 "i" 按鈕來查閱使用說明,或至 EMBOSS Tutorial 查詢。不過由於 EMBOSS 程式仍在改版中, 程式的說明文件也正在陸續修訂中,如果您有改進意見,可以隨時反應給 EMBOSS工作人員。下列為幾個常用程式使用手冊的連結。
Sequence retrieval : seqret
Sequence Alignment :
    Dotplot: dottup, dotmatcher,
Pairwise alignment: needle, water,
Multiple sequence alignment: emma, prettyplot
Consensus sequence: showalign
Retriction enzyme map : remap
Open reading frame : plotorf
Primer design : eprimer3

  
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