JEMBOSS 系統簡介 |
|
|
|
| |
| JEMBOSS 是以 Java 為圖形輸出介面執行 EMBOSS 程式，使用者須先安裝 Java Web Start 於自己的主機中。使用者可依照個人電腦的作業系統選擇適當的 Java web start 程式，JEMBOSS 目前支援 Windows, Unix, 以及 MacOS X作業系統。Mac電腦如安裝 MacOS X等級以下將無法使用 JEMBOSS。JEMBOSS 為 HGMP 與 EMBOSS 合作撰寫的使用介面，目前 JEMBOSS 服務已更新至 Jemboss 1.0 版本。HGMP 歡迎使用者以 email 提供改進意見。 |
|
| 一、安裝Java web start |
|
| 一般個人電腦皆已隨機安裝了 Java 1.3 (或以上版本)，使電腦可以跑 Java程式 (但若使用 Windows XP 作業系統的使用者，可能並未含有 Java，詳細情形請參見 SeqWeb 常見問題集) 。然而如果要使用 JEMBOSS程式，還必須安裝 Java Web Start，步驟如下： |
|
 |
進入 JEMBOSS 網頁，點選 Java web start 連結。
網址：http://bioinfo.nhri.org.tw:8080/jnlp/ |
|
 |
下載 Java Web Start Developer Pack 1.0.1_02 ：
至 SUN Java 網站下載，依據網站指示下載 Java Web Start Developer pack，步驟請參考下圖。 |
| |
|
| |
|
|
 |
按下 download 的選項之後，下一頁則會告知一些訊息，接著再下一頁則是對 J2SE 程式的 一些著作權及注意事項的宣告，必須要按下同意(accept)的按鈕才能下載程式，請謹記： |
| |
 |
選擇適當的目錄存取 Javaws-1.0.1_02 執行檔 |
 |
|
存取完後直接執行進行安裝，遵照 default 值即可 |
|
此時您的電腦桌面上出現右圖，表示已安裝完成
(Note: 較舊之 Java Web Start 版本安裝完會出現右圖圖示，但 Javaws-1.0.1_02 安裝完可能不會) |
|
|
 |
注意事項： |
|
| |
 |
PC 效能會影響 JEMBOSS 執行效率： |
|
| |
由於 JEMBOSS 是將 Java 執行程式放在個人 PC 執行，所以 PC 的 CPU 以及 RAM 會影響程式執行的效率。建議 PC 為 886MHz，Pentium III（或同等級）、256 MB RAM以上，跑起 Java 程式來才不會顯得吃力。 |
 |
Java web start可能影響網頁瀏覽： |
|
| |
JEMBOSS 所使用的 Sun Java J2SE 1.4.1有時會與 IE 中 windows java virtual machine 相衝突，可能造成部分 Java 程式執行時產生錯誤。此時使用者可以在 IE 的
工具→網際網路選項→進階 的選項中，將 Java (Sun) J2SE 關掉，以避免困擾。其步驟如下圖所示： |
| |
|
| |
|
|
|
| 二、基本設定 |
|
| 請至 JEMBOSS 首頁，點選 Launch JEMBOSS，出現登入視窗後輸入帳號密碼，並於 server setting 視窗取消 proxy 設定，即可進入 JEMBOSS 程式。如您並未設定 proxy，則關閉 server setting 視窗即可。 |
|
|
帳號密碼： |
| |
國衛院之 GCG 使用者，可利用 GCG 帳號密碼登入 JEMBOSS。如果您沒有帳號 ，請至國衛院 GCG 帳號申請網頁申請帳號。 |
|
|
主畫面： |
| |
JEMBOSS主畫面分為三欄，左邊為程式表列區，中間為程式執行區，右方為檔案區。 左邊程式表列區上方是程式類別的連結表列，中間為輸入程式名稱的地方，key in 程式名稱後按 "go"，程式會被呼叫到中間的執行區來執行。右方檔案區視窗是隱藏起來的，要點選中間下 方的紅藍箭頭按鈕才會展開。JEMBOSS程式執行時可以選擇使用 batch mode (背景執行)，或於使用中視窗執行 (interactive mode)，選擇按鈕位於紅藍箭頭左邊。 |
| |
|
|
|
檔案管理：Home directory 設定 |
| |
JEMBOSS可以將您在自己的 PC 中存放序列檔案的資料夾，直接設為 JEMBOSS 存取序列檔案的home directory，接下來的序列分析結果都可利用file-save to local file的功能存放在這個home directory中， 設定方法如下： |
|
| |
 |
建立JEMBOSS專用資料夾 : |
|
| |
在您的個人電腦中用檔案總管新增一個JEMBOSS分析用的資料夾。例1：D:\JEMBOSS\seqdata |
 |
在JEMBOSS檔案系統新增一個資料夾： |
|
| |
點選主畫面又下方紅藍箭頭打開JEMBOSS檔案視窗,點選檔案視窗畫面最上方 user 資料夾，按住滑鼠右鍵，選擇 new folder。此時跳出 new folder 視窗，輸入新資料夾名稱 (例 2：seqdata)，按 "確定"，檢視右方畫面，即可在 user 目錄下看到建好的新資料夾。 |
 |
點選主畫面左上方 preference，選擇 advanced options |
|
 |
此時跳出設定 local home directory 視窗，將正確的路徑輸入。 |
|
| |
例 1需要輸入 D:\JEMBOSS\seqdata，例 2則只需要在視窗中顯示的路徑後面加上 \seqdata 即可。輸入完畢後按 "確定" ，檢視右方畫面，即可看到建好的新資料夾已經成為主目錄 (可參考下圖範例 )。 |
| |
|
| |
|
 |
結果檢視與存檔：File工具列 |
|
|
|
Saved results： |
|
| |
每次 login JEMBOSS之後的分析結果會暫存於主機中，點選saved result可以檢視分析結果清單,點選清單中的檔案後再按 display，即可檢視分析結果，然後在結果畫面點選 save to local file，輸入正確的路徑(default 會顯示設好的 home directory)，即可將檔案存到自己的PC中。若點選 save to remote file，則此檔案及存入主機中。 |
|
Local and remote files : |
|
| |
要檢視所有經過儲存的檔案,可以點選local and remote file,主畫面的右邊會出現上下兩個視窗,上方是local files，下方則是remote files。檔案可以用拖曳的方式,在二個視窗的資料夾之間以copy-paste的方式互相存取。 |
|
|
| 三、使用手冊 |
|
| 如果需要更進一步了解 EMBOSS 程式，可以點選 JEMBOSS的 "i" 按鈕來查閱使用說明，或至 EMBOSS Tutorial 查詢。不過由於 EMBOSS 程式仍在改版中， 程式的說明文件也正在陸續修訂中，如果您有改進意見，可以隨時反應給 EMBOSS工作人員。下列為幾個常用程式使用手冊的連結。 |
|
|
Sequence retrieval : seqret |
|
|
Sequence Alignment : |
| |
|
Dotplot: dottup, dotmatcher,
Pairwise alignment: needle, water,
Multiple sequence alignment: emma, prettyplot
Consensus sequence: showalign |
|
|
Retriction enzyme map : remap |
|
|
Open reading frame : plotorf |
|
 |
Primer design : eprimer3 |
|
|
|
|
