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   GCG 常問問題 -> GCG 3.1 Listfile Problem
在 GCG 3.1 無 法 以 List File 方 式 進 行 PileUp 分 析 工 作 ?
  近 來 曾 發 現 新 版 GCG 3.1 似 乎 無 法 使 用 自 己 編 輯 好 的 List File 來 進 行 PileUp 序 列 比 對 的 工 作,或 是 其 他 可 以 透 過 List File 分 析 的 程 式 也 有 失 效 的 情 形。
經 過 與 原 廠 諮 詢 後,他 們 的 解 答 說 明:因 為 GCG 3.1 對 於 List File 格 式 有 一 定 的 要 求 規 範 ( 此 一 情 形 在 舊 版 GCG 2.1 時 沒 有 ),所 以 必 須 將 List File 重 新 編 輯 成 為 符 合 的 格 式 之 後,才 能 被 程 式 正 確 的 判 讀。

List File 正 確 的 格 式 如 以 下 說 明:
 

List File 應符合 GCG 3.1 要求之格式,即表示說在該 List File 文件檔頭最前面,應包含了:

   !!SEQUENCE_LIST 1.0
   ..

共兩行的辨識文字。(但舊版 GCG 之 List File 並不需要)

原則上,我們不需要自己親自去修改 List File 的檔案,因為 GCG 3.1 中提供了一個 "fixlist" 的程式,透過該程式,可自動幫我們加上前述的檔頭。

舉例說明:
假使我們編輯了一個 List File 檔稱為 test.list 的文字檔如下,裡面包含了 abc.seq 到 xyz.seq 共六條序列的名稱:

v8803: [users/nhri01]> more test.list
abc.seq
def.seq
ghi.seq
jkl.seq
mno.seq
xyz.seq

這是以 more 指令看內容的情形,我們發現內容只有單純序列的名字,這樣的內容在新版 GCG 3.1 中,PileUp 將沒辦法去作比對 (但 GCG2.1 可以)。

此時可以執行 "fixlist" 指令來進行修復 List File 的功能:

v8803: [users/nhri01]> fixlist test.list

執行完 fixlist 後,再以 more 指令重新看一下 test.list 的內容:

v8803: [users/nhri01]> more test.list
!!SEQUENCE_LIST 1.0
..
abc.seq
def.seq
ghi.seq
jkl.seq
mno.seq
xyz.seq

此時您可發現,在 abc.seq 上方將多出兩行檔頭 ( !!SEQUENCE_LIST 1.0 及 .. ),此一經過 "fixlist" 程式修復過的 List File 檔案,就能於 GCG 3.1 進行 PileUp 分析。

因此, GCG 3.1 必須符合上述的 List File 格式規範,分析工作才能順利進行。

 

問題諮詢:
 

請洽本院生醫資源中心 汪詩海 先生 (電話:037-246166-33629)

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