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   GCG常問問題 -> Other FAQ
其 他 常 見 問 題

執 行 PileUp 時 常 見 的 Error Message
 

在使用PileUp時有時會出現下列Error Message :

ERROR, PileUp requires at least two input sequences!!!
PileUp 程 式 因 為 是 一 次 排 列 多 個 序 列 , 所 以 必 須 以 多 序 列 檔 (List File) 做 為 程 式 的 input , 出 現 這 個 訊 息 有 下 列 幾 種 可 能 :

  • 只 給 了 一 條 序 列 檔 --> 請 將 所 欲 排 列 的 多 條 序 列 寫 成 List File
  • List File 用 法 錯 誤 --> List File 使 用 時 , 必 須 在 檔 名 前 加 上 @ , 如 @aaa.list
  • List File 所 給 的 序 列 錯 誤 --> 重 新 確 認 序 列 檔 名 或 Accession number , 如 果 List file 中 含 有 自 己 的 序 列 , 請 記 得 必 須 上 傳 至 GCG 主 機 中 的 同 一 目 錄 中 並 且 為 GCG Format 。

"Error! More than 2000 gap insertions."
"XXXXXX" is longer than 5000 symbols!!!

這 是 PileUp 的 程 式 本 身 的 限 制 , 每 條 input 序 列 總 長 度 不 得 超 過 5000bp , 而 在 排 列 完 成 後 , 所 insert 的 gap 也 不 得 超 過 2000 個 。 也 就 是 說 , 每 條 序 列 在 排 列 完 畢 時 , 含 所 insert 的 gap 在 內 , 總 長 度 不 得 超 過 7000bp , 而 總 共 可 排 列 500 條 的 序 列 , 詳 細 請 參 考 程式說明


如 何 將 資 料 由 GCG 主 機 中 下 載 下 來 ?
  請 使 用 檔 案 傳 輸 軟 體 , 如 WS-FTP ( 下 載 481K ), 並 使 用 您 現 在 的 GCG 的 username 及 passwd 即 可 進 入 您 自 己 的 目 錄 區, 再 選 擇 想 下 載 的 檔 案 , 文 字 檔 及 .ps 的 圖 形 檔 ASCII Mode 傳 輸 , 圖 形 檔 (.gif) 以 Binary Mode 傳 輸 即 可 。

如 何 列 印 圖 形 ?
 

請 在 執 行 與 圖 形 相 關 的 程 式 ( 如 frames ) 之 前 , 先 設 定 好 圖 形 輸 出 的 方 式 , 有 下 列 兩 種 方 式 : (注 意 ! 圖 形 設 定 一 次 只 能 有 一 種 方 式 )

X-windows : 先 執 行 X-windows 的 程 式 , 如 X demo32 (下 載 1787 K ) 然 後 於 GCG 主 機 畫 面 中 鍵 入 :

gcg 1% xwindows    

再 選 Color Workstation , 即 完 成 設 定 。 之 後 再 執 行 繪 圖 的 程 式 ( 如 frames ) , 所 得 的 圖 形 就 會 直 接 顯 示 在 X-window 的 視 窗 中 。 但 是 只 能 顯 示 , 除 非 所 使 用 的 x-windows 程 式 可 執 行 列 印 , 否 則 如 X domo32 就 無 法 直 接 列 印 圖 形 。

gif 或 postscript :

gcg 1% gif

  Use which GIF version:

   GIF87a
   GIF89a

  Please choose one ( * GIF89a * )   { 用 預 設 值 }

  Enter GIF89a output filename (* /dev/tty15 *) $program$.gif

此 後 再 執 行 圖 形 程 式 時 , 會 自 動 將 圖 形 檔 以 { 程 式 名 }.gif 的 方 式 輸 出 並 存 到 您 在 GCG 主 機 的 目 錄 下 。 例 如 使 用 frames , 則 輸 出 的 檔 案 會 是 frames.gif 。 但 若 重 覆 執 行 , 則 舊 的 檔 案 會 自 動 被 新 檔 案 取 代 之 。 若 要 列 印 此 圖 形 檔 , 則 可 利 用 檔 案 傳 輸 方 式 , 將 此 圖 形 檔 下 載 至 您 的 電 腦 中 , 再 以 個 人 電 腦 中 的 繪 圖 程 式 顯 示 或 列 印 此 圖 形 ( gif 可 以 使 用 瀏 覽 器 開 啟 ) 。

除 了 gif 外 , GCG 中 還 有 一 個 指 令 postscript, 使 用 方 法 與 gif 類 似 , 但 輸 出 檔 名 為 $program$.ps, 並 且 要 用 GS View ( http://www.cs.wisc.edu/~ghost/)來 列 印 。


如 何 使 用 blast 搜 尋 最 新 的 database ?
 

現 在 國 家 衛 生 研 究 院 GCG 主 機 中 的 GenBank 資 料 庫 是 每 日 更 新 的 (請 參 考 GenBank 資 料 庫 每 日 更 新 說 明) , 使 用 GCG 的 blast 程 式 時 , 所 搜 尋 的 database 選 項 中 有 :

10) genbanknew n New Entries since last release
11) gb_tagsnew n New Entries since last release

選 擇 這 兩 個 選 項 就 可 以 比 對 最 新 的 GenBank 資 料 , 但 是 若 您 還 是 想 直 接 比 對 NCBI 的 最 新 資 料 庫 , 可 以 使 用 netblast 這 個 指 令 , 在 執 行 完 netblast 後 , 若 是 想 將 結 果 中 的 序 列 拷 貝 至 個 人 目 錄 時 , 就 不 能 用 fetch 而 必 須 使 用 netfetch 這 個 指 令 。關 於 netfetch 的 用 法 , 請 參 考 相 關 說 明


Error : Sorry, I don't know anything about your "ansi" terminal.
 

這 是 表 示 主 機 不 知 道 您 的 電 腦 終 端 機 形 式 為 何 , 通 常 在 一 進 入 GCG 主 機 會 先 看 到 "Type ansi unknown" , 而 後 在 執 行 程 式 時 就 會 出 現 此 錯 誤 訊 息 , 此 時 只 需 鍵 入 :

 gcg 1% set term=vt100

通 常 可 就 解 決 大 多 數 人 的 問 題。

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