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   GCG常問問題 -> Tfsite
如 何 尋 找 序 列 中 的 Transcription factor binding site ?

Transcription Factor Binding Site Data File
  tfsites.dat是 GCG 中 用 來 定 義 Transcription Factor Binding Site 的 資 料 檔 , 可 以 利 用 它 來 尋 找 Transcription Factor Binding Site , 詳 細 介 紹 請 參 考 使 用 說 明 之 Data FileTranscription Factor Database
   
FindPatterns
  FindPatterns 可 用 來 尋 找 使 用 者 定 義 的 一 些 pattern , 若 要 用 來 尋 找Transcription Factor Binding Sites 就 必 須 先 將 tfsites.dat 拷 貝(Fetch) 一 份 至 個 人 目 錄 中 , 再 將 tfsites.dat 指 定 為 FindPattern 的 資 料 檔 (Data File) 即 可 。如 下 面 的 例 子:

gcg2 1% fetch tfsites.dat

Fetch copies GCG sequences or data files from the GCG database into your directory or displays them on your terminal screen.

  tfsites.dat

gcg2 2% findpatterns -dat=tfsites.dat

FindPatterns identifies sequences that contain short patterns like GAATTC or YRYRYRYR. You can define the patterns ambiguously and allow mismatches. You can provide the patterns in a file or simply type them in from the terminal.

  FINDPATTERNS in what sequence(s) ? gb:m25181

  What should I call the output file (* m25181.find *) ?

gcg2 13% more m25181.find

! FINDPATTERNS on gb:m25181 allowing 0 mismatches
! Using patterns from: tfsites.dat November 17, 2000 11:09 ..
   M25181 ck: 2866 len: 68 ! M25181 D.melanogaster Dde I-Taq I f ragment of 5S DNA, 3' end. 4/1993

GCN4-ILV1.3       AAGTCA
       6: ACTAT AAGTCA ATACG

GCN4-ILV1.3 /Rev      TGACTT
         23: GTATC TGACTT TATCT

........................................

以 這 個 方 法 找 到 的 結 果 是 以 條 列 方 式 顯 示 , 如 果 想 知 道 各 個 Site 的 參 考 文 獻 , 請 參 考 tfsites.dat 中 的 說 明 。
   
Map
  另 外 也 可 以 利 用 Map 這 個 程 式 , 做 法 與 FindPatterns 類 似 , 用 tfsites.dat 來 取 代 Map 程 式 原 來 的 資 料 檔 -- enzyme.dat 。 請 參 考 下 列 例 子 :

gcg2 1% fetch tfsites.dat

Fetch copies GCG sequences or data files from the GCG database into your directory or displays them on your terminal screen.

  tfsites.dat

gcg2 2% map -dat=tfsites.dat

Map maps a DNA sequence and displays both strands of the mapped sequence with restriction enzyme cut points above the sequence and protein translations below. Map can also create a peptide map of an amino acid sequence.

  (Linear) MAP of what sequence ? gb:m25181

    Begin (* 1 *) ?
     End (* 68 *) ?

  *** I read your enzyme data file "tfsites.dat"!! ***

..............................................

  What should I call the output file (* m25181.map *) ?

gcg2 3% more m25181.map

  (Linear) MAP of: gb_in3:m25181 check: 2866 from: 1 to: 68

 ...............................................

這 樣 所 得 的 結 果 就 是 以 類 似 限 制 酵 素 切 位 的 方 式 顯 示 , 如 果 想 知 道 各 個 Site 的 參 考 文 獻 , 請 參 考 tfsites.dat 中 的 說 明 。

   
其 他 網 站
  BCM Search Launcher中 , 的 Gene Feature Search 中 也 有 好 幾 個 尋 找 Transcription Factor 的 程 式 。

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