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   GCG常問問題 -> Wisconsin Package Ver. 10.0
國家衛生研究院巨分子序列分析服務
What's New in Wisconsin Package Ver. 10.0

以 下 為 Wisconsin Package 10.0 新 增 程 式 :
 
Database Searching
BLAST 2.0 升 級 為 Natioanl Center for Biotechnology Information (NCBI) Gapped BLAST 2.0 ,不 但 在 比 對 時 容 許 Gap 的 產 生 , 整 體 比 對 速 度 及 靈 敏 度 都 較 原 有 之 Blast 1.4 好 。
** SSearch 以 Smith-Waterman algorithm 搜 尋 序 列 資 料 庫 , 方 法 與 GenWeb 中 的 Smith-Waterman 完 全 相 同 , 是 靈 敏 最 高 的 序 列 搜 尋 方 法 , 但 需 要 相 當 長 的 運 算 時 間 , 請 儘 量 改 用 GenWeb 可 加 快 序 列 搜 尋 速 度 至 數 百 倍 以 上 。
GenWeb簡介 GenWeb使用說明
FastX
以 蛋 白 質 序 列 搜 尋 DNA 資 料 庫 , 可 容 許 Match 中 含 不 同 reading frame 的 結 果 。 建 議 儘 量 改 用 GenWeb , 可 加 快 搜 尋 速 度 。
TFastX
以 DNA 序 列 搜 尋 蛋 白 質 資 料 庫 , 可 容 許 Match 中 含 不 同 reading frame 的 結 果 。
 
Sequence Retrieval
NetFetch 可 直 接 將 NCBI 中 的 序 列 拷 貝 一 份 至 GCG 主 機 的 使 用 者 個 人 目 錄 中 , 與 NetBlast 配 合 可 讓 使 用 者 得 到 最 新 的 序 列 資 料 。
 
Pattern Searching
MEME 可 從 一 群 DNA 或 蛋 白 質 序 列 中 找 出 共 同 的 Motif 並 製 作 成 Gapless Profile 。
MotifSearch 利 用 由 MEME 程 式 所 做 出 的 Gapless Profile 搜 尋 序 列 資 料 庫 。
 
Editing and Publication
PrettyBox 將 多 序 列 並 列 分 析 所 得 的 結 果 以 類 似 Pretty 的 方 式 做 成 Postscript 的 圖 形 檔 , 並 以 不 同 顏 色 區 分 序 列 的 相 似 程 度 。
 
以 下 為 新 版 中 移 除 或 取 代 的 程 式 :
 
Program Reason for Removal
GENESEQToGCG GENESEQ 現 改 以 GCG 格 式 Distribute 。
FoldRNA 由 MFold 取 代 。
Squiggles 加 入 PlotFold 功 能 之 一 。
Circles 加 入 PlotFold 功 能 之 一 。
Domes 加 入 PlotFold 功 能 之 一 。
Mountains 加 入 PlotFold 功 能 之 一 。
 
Wisconsin Package 10.0 為 Year 2000 Compliance

尚 有 其 他 加 強 或 改 進 功 能 的 程 式 , 請 參 考 Release Note , 有 任 何 問 題 請 洽 詢 使 用 者 諮 詢 專 線 謝 謝 !!

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