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-> SeqWeb User manual -> Result Manager

Job and Result Manager

│ Job Manager │ Result Manager │ Preference Manager │

Job Manager

Job Manager能夠記錄使用者曾經用過的程式，並讓使用者明白程式的運算狀況(運算中或是已完成)。從Job Manager可以察看分析完成的結果，也可以選擇重做工作。

當點選Manager中Job的圖示時，即會開啟另一個視窗，顯示程式運作的狀態(如下圖)。

檢查工作狀態

於Job Manager中間即是顯示工作狀態的地方。包括說明了伺服器中之工作編號、使用程式種類、使用的project、狀態、開始時間與已運算的時間。如果仍在運算，Status欄位將顯示Running狀態，若已完成工作，則顯示Complete。

中斷正在運算的工作

當程式仍未完成時(顯示Running狀態)，若按下右方的Cancel按鈕，則程式將強制被中斷，工作內容也將由Job Manager中移除。

察看分析完的成果

當Job Manager 顯示Complete的狀態時，表示工作已完成，此時點選下方的view按鈕，將開啟新視窗並展現結果。使用者若不慎將Job Manager視窗關閉時，也可以由Result Manager處去察看分析後的結果。

重新分析工作

當使用者發現序列分析結果出錯、或想以其他的參數再分析一次時，可以利用Job Manager中的Refine按鈕將結果重新分析，或是修改參數設定，以期看到不同於原本的分析結果。若是之前分析的工作已不存在於Job Manager之中時，亦可以到Result Manager中去檢視之前的結果，並使用其中的Refine的功能。

Result Manager :

Result Manager可將已完成的序列分析結果列出。只要使用者跑完一項程式時，該項結果除了會在Job Manager顯示工作完成之外，於Result Manager中也會顯示工作完成的紀錄。但共用同一個Project的會員們，其個別分析的結果也會共同被列於Result Manager之中。

利用Result Manager可對已完成的分析結果進行檢視與重新分析，此外使用者也可對分析結果進行存檔、刪除或對結果的敘述重新編輯等。點選Result Manager的圖示，即會跳出其視窗(如下圖)供使用者使用。

View :

當序列的分析完成之後，除了在Job Manager中直接檢視之外，還可在Result Manager中選擇View的功能選項時，並由list的框架點選結果，並選擇檢視(view)的功能察看結果。但若是工作還未完成，Result Manager將不會列出結果。

在SeqWeb裡的序列分析程式如BLAST, FastA, FrameSearch, Prime, Ssearch, CoilScan, HTHScan, and SPScan等，其分析結果包含了圖表(graphic)。因此當檢視分析結果時，除了包括html檔的輸出結果之外，還會跳出一個viewer window之包含圖形的視窗，此處以進行BLASTP分析程式舉例：

上圖是BLASTP的搜尋結果，以list的方式將找到的許多結果列出，除了可點選藍色超連結的序列，並瀏覽這些序列檔的內容之外，使用者還可以將所需要的序列，於方格處以滑鼠勾選、或利用select all的按鈕選擇所有的序列，再以Add Selected的功能將那些序列檔加入sequence manager中。此外，可將搜尋結果的頁面以html的形式儲存起來，當日後再打開這個檔案，則網頁中各序列的超連結仍將保留著。

下圖則是能顯示圖形的viewer window。它能以不同顏色的圖形顯示不同分數的序列比對結果、還具有簡單的篩選功能、以及用文字方式顯示序列比對的情形，讓使用者更明白結果。此外viewer window也提供了另存成圖形檔(.gif)的功能，但圖形樣式頗簡單，使用者可以斟酌使用。視窗下方尚有Annotate as Feature的按鈕，使用者可以藉此編輯該序列的圖形、顏色與檔案名稱。

含圖形的結果：對於有顯示圖形的分析結果，要儲存或列印其圖形時，有以下的作法：

具有viewer windows者：僅可存圖形，無法存取下方的文字檔案內容。由File點入並選擇Save as figure，將於另一個新視窗開啟圖形檔案，使用者可以於圖形按滑鼠右鍵進行儲存或列印圖形。

不具有viewer windows者：將直接於視窗中展現分析圖形，除了也可以利用滑鼠右鍵進行存取與列印動作外，使用者亦能按下網頁下方的Save as html的按鈕，此時會跳出新視窗，並列出分析結果的html檔與圖形的gif檔，讓使用者選擇要儲存哪一項於自己電腦之中。

但最後應要注意的是：由於gif檔之圖形輸出的品質通常不會太好，因而若要拿來發表用的圖形，還是建議用GCG Command Mode中所儲存成的postscript (.ps)圖形檔會比較適合。

Save as :

選擇Save as的功能選項，使用者可於左方的list框架中選擇任一結果來儲存於自己的電腦之中。存檔時將開啟另一新視窗，並列出了全部要儲存的項目，使用者可依自己的需要做儲存。

Edit :

藉由Edit的功能，使用者可以自行對結果的描述部分進行編輯，使該項結果對使用者而言更易了解和分辨。點選後會開啟新視窗，再於結果敘述的欄位自行編輯即是。

Delete :

此功用可以將Result Manager內的所有結果刪除，所以要小心使用。因此建議使用者若要刪除結果前，將較重要的分析成果儲存至自己的電腦，以免消失。

Preference Manager

Preference可以讓使用者對於SeqWeb的使用介面作一些設定。主要包括了網頁白色背景的選擇、多序列並列分析時圖形顏色的產生、背景工作完成後的郵件發送通知三項選擇，使用者可由滑鼠勾選選項。此外尚可調整圖形視窗的大小，與存檔的格式。較需注意的是，若是麥金塔電腦(mac)、或是Uuix系統 (如Linux等)的使用者，必須以非PC的格式儲存檔案，因此需要至Preference Manager中調整。

此外，關於使用者於SeqWeb中需要改變或替換密碼時，也需由Preference Manager中進入，輸入新的密碼，並於下方欄位做確認後，下一次再進入SeqWeb中，就必須以新密碼登入才行！

竹南院區/苗栗縣竹南鎮 350 科研路 35 號