Sequence Manager |
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| Sequence Manager 主要的功能是作序列的使用管理和編輯。利用SeqWeb來進行分析的序列檔案，都必須先存放在Sequence Manager中才可進行分析，也必須使用Sequence Manager進行GCG主機與個人電腦之間檔案的傳送。Sequence Manager可以將使用者所有的序列資訊列出，同時並可用來檢視、新增、編輯、複製，以及刪除或存取序列檔案，並且可以經由Sequence Manager 來使用 project management ，且在各個序列分析程式中均可直接自Sequence Manager中讀取檔案，因此能夠熟練的操作Sequence Manager將使序列分析的工作更有效率。 |
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進入Sequence Manager |
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步驟 |
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進入SeqWeb主網頁 |
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由網頁左上方選單點選 Managers, 主網頁左下方會出現四項 manager 選單 |
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由四項 manager 選單點選 Sequence，即可進入 Sequence Manager 畫面。Sequence manager 的六個功能選項 List, Project, Edit, View, Flag, Help 會顯示在畫面上方，User Name 會列出，Project 選 Default，然後就是序列檔案清單。 |
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在 Sequence Manager 中用滑鼠點一下檔案或 Project 就表示已選取( Select，背景呈深藍色 )，再按一下就表示取消 ( Deselect，背景回復白色)。 |
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加入序列檔案（add sequence） |
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當使用者已經有一段序列：來源可以是sequencing的結果、或是由paper上copy而來，這些存於使用者電腦裡的序列文字檔，都可以利用這項功能加入到SeqWeb之中。
Sequence manager主要是用List 的功能來加入序列檔案，加入檔案後點選Edit，再按refresh，就可在Sequence manager視窗看到新增的檔案。加入序列檔案的方式有三種，Add From Local File、Add From Clipboard、及Add From Database分別敘述如下： |
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Add From Local File --從PC中加入序列檔案 |
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步驟 |
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點選List，然後點選 Add From Local File，出現Add From Local File視窗 |
| 或：在分析程式中Input Sequence處點選Add From Local File |
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選擇要加入的檔案數目,每次最多可加入20個檔案，也可以不選。 |
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依次加入序列檔案後按OK。加入檔案的方式如右： |
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| a. |
直接輸入PC的檔案路徑、目錄及檔案名稱。 |
| b. |
或點選「瀏覽」，找到PC中檔案後點選檔案，檔案路徑、目錄及檔案名稱就會顯示出來。點選「瀏覽」時記得將檔案類型設為「所有檔案」，會較容易找到想上傳的檔案。 |
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請注意：檔案若為SeqWeb所接受的檔案格式，則可直接上載。其他檔案請先存成純文字檔(*.txt)，且檔案最好只包含序列本身，因為上載後將只保留序列部份，說明的部份會消失。SeqWeb接受的檔案格式如下列： |
| GCG sequence file format：single sequence files in GCG format, MSF files, RSF files
Non-GCG sequence formats：FastA, EMBL, GenBank, NCBI report format, Staden, IntelliGenetics, ABI trace files |
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Add From Clipboard --直接鍵入sequence，存成序列檔案 |
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步驟 |
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點選List，然後點選 Add From Clipboard，出現Add From Clipboard視窗 |
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或：在分析程式中Input Sequence處點選Add From Clipboard |
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鍵入序列後按OK。鍵入序列的步驟如下： |
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a. |
Name：輸入檔案名稱，一定要填。 |
| b. |
Description line：填寫對序列的描述文字，可以不填。 |
| c. |
Reference：填寫列來源或參考文獻，可以不填。 |
| d. |
Sequence Data：可以在此直接用鍵盤key in序列，或是用copy / paste的方式輸入序列。 |
| 請注意： |
| 蛋白質序列請以單一字母來表示一個胺基酸，如果是以三個字母來表示(例Gly或GLY)，Sequence Manager會誤認為是三個不同的胺基酸。 |
| Sequence Manager可辨識的字母及符號如下列，Sequence Manager也可辨識空格(space)。
字母：A B C D E F G H I K L M N P Q R S T U V W X Y Z (not J or O)
(小寫) a b c d e f g h i k l m n p q r s t u v w x y z (not j or o)
符號： . (period)?~ (tilde)?* (asterisk) |
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Add From Database-由資料庫中加入序列檔案 |
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這個功能是從資料庫中找尋所要分析的序列，然後將序列檔案加入Sequence Manager中進行分析，和GCG Command Mode中的names以及fetch功能相似。使用之前必須已經知道序列的entry name 或accession number，如果不知道序列的entry name或accession number，則必須使用SeqWeb的Lookup或StringSearch等程式來搜尋，這兩個程式的功能會在介紹分析程式時說明。 |
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步驟 |
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點選List，然後點選 Add From Database，出現Add From Database視窗 |
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或：在分析程式中Input Sequence處點選Add From Database |
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選擇適當的Database |
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輸入序列的entry name 或 accession number。如果不太確定sequence name或accession number是否正確則可以用萬用字元 "*" 號代替不確定的部份試試看，例如:cap*。 |
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按OK進行搜尋。搜尋完成之後會出現Database Entries 頁面，顯示條件相符的序列清單。 |
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查看序列內容：點選序列的超連結，即可瀏覽序列檔的內容。 |
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選取序列檔案存入Sequence Manager：在序列前的方格以滑鼠打勾，再選擇Add Selected，這個序列檔案就會加入Sequence Manager中。 |
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將搜尋結果存到PC中：選擇Save as HTML或Save as Text，搜尋結果頁面就會以HTML或Text(純文字)的型式存到個人電腦中。如果是存成HTML的型式，日後可以瀏覽器打開這個檔案，檔案中序列清單每一條序列的超連結會保留著，讓使用者可隨時查看每個序列的內容。 |
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序列檔案管理 |
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View：檢視序列內容 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個序列檔案 |
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檢視全部序列相關資訊：點選 View，按Sequence 即可。 |
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檢視序列檔案在系統中簡要資訊：點選 View，按Sequence info即可。 |
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Copying sequence: 複製序列檔案 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Edit，按Copy，出現Copy視窗 |
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選擇要加入複製檔的project |
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在File 欄輸入序列檔名，按OK即可。如果是將一個序列檔案copy到另一個project，可不必更改檔名，如果是在同一個project中修改序列檔案，則應重新命名。 |
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Moving sequence: 將序列檔案移動至另一個project |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Edit，按Move，出現Move視窗 |
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選擇要移入檔案的project |
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按OK |
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Renaming sequence: 將序列檔案重新命名 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個序列檔案 |
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點選 Edit，按Move，出現Move視窗 |
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鍵入新的檔案名稱 |
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按OK |
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Deleting sequence: 刪除檔案 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Edit，按Delete，出現Delete視窗 |
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按OK |
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Flagging sequence: 保護序列檔案、Review標示 |
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保護project中的檔案，避免被共用同一個project的其他使用者刪改 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Flags，按Protect on，這個序列即被保護，在檔案清單中這個序列的Flag欄會加上P的記號 |
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解除保護：點選 Flags，按Protect off |
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將重要的檔案作Review標示 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Flags，按Review on，這個序列即被標示，在檔案清單中這個序列的Flag欄會加上R的記號 |
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解除標示：點選 Flags，按Review off |
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Changing sequence type: 轉換序列檔案的種類 |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Edit，按Change Sequence Type |
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在sequence視窗選擇N(nucleotide) 或P(protein) |
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按OK。注意序列檔案種類要和序列內容相符合，這個功能不會改變序列內容。 |
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Saving sequences: 存檔，檔案存在個人電腦中 (Save as local file) |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 List，按Save to Local File，出現個人電腦瀏覽器視窗 |
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在Netscape或IE瀏覽器視窗選擇存檔的功能，將檔案存入個人電腦適當的目錄中 |
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序列編輯 |
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序列編輯主要是使用Sequence Editor的功能。使用者可以對序列進行刪改，也可編寫序列的說明文字(description)，檢視序列的ORF（在cut-off size範圍內），使用Translate、Assemble、Reverse Complement等程式，並且可以將序列存成圖形檔使用。 |
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進入Sequence Editor |
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步驟 |
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在序列檔案清單中點選一個或數個序列檔案 |
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點選 Edit，按Edit Selected Sequence，出現Edit Sequence 視窗 |
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Edit Sequence 視窗 |
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視窗分為上下兩部份，上面的框架是序列的圖示區，並具有放大鏡功能，下方的框架則顯示列出全部序列字元(characters)及其說明(comment)；序列字元(characters)和說明(comment)的顯示可使用View功能做切換。中間則有Enable multiple selection、Feature，及ORF選項。上下兩個框架的內容是相關聯的，在下方框架選取的序列會即時顯示於上框架對應的圖形中。SeqWeb v2.02在序列的圖示上有美工編輯功能供使用者選擇，對於呈現分析結果的視覺效果有所幫助。 |
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編輯過程中可以使用View-Font size調整字型，或使用View-Change UperCase/LowerCase做序列字元大小寫轉換，以並且可以隨時使用Undo或Ctrl+Z復原檔案；此外可使用Disable Edit取消編輯功能來保護序列檔案，以及用Enable Edit恢復編輯功能。 |
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編輯過程中或編輯結束後皆須存檔，Sequence Editor有三種存檔方式 |
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1 |
把編輯結果存下來，檔案名稱不變：點選File按Save。 |
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2 |
把編輯結果存另存新檔：點選File按Save as，選擇project，輸入新檔名，按OK。 |
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3 |
把編輯結果存成圖形檔：點選File按Save Figure，此時出現網頁瀏覽畫面，可按右鍵，點選Save image as存圖形檔。 |
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經過Sequence Editor編輯之後的序列檔案格式會有所改變，不再是GCG序列格式，如果需要進一步使用GCG command mode 對編輯過的序列做分析，則須將檔案格式改回GCG序列格式。 |
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使用Sequence Editor編輯序列 |
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Editing a Description：編輯序列文字敘述的內容 |
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步驟： |
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點選Edit，按Edit Description，出現edit description視窗，輸入description後按OK。 |
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Navigating Within Sequences：在序列檔案中瀏覽及搜尋序列片段 |
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瀏覽指定位置(location)的序列 |
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步驟： |
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i |
選擇要編輯的序列，進入Sequence Editor |
ii |
點選Edit，按Go To，出現Go視窗 |
iii |
輸入指定位置的序列residue編碼(例：23)後按OK，cursor即移至指定的位置(例：第23個nucleotide或a.a.) |
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搜尋特定序列片段 |
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步驟： |
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i |
選擇要編輯的序列，進入Sequence Editor |
ii |
點選Edit，按Find，出現Find視窗 |
ii |
輸入想要尋找的序列片段後按OK。 |
iv |
如果找到相符的序列片段，游標即移至找到的序列最後一個residue位置 |
v |
如果沒找到相符的序列片段，即出現Match not found視窗，按OK結束。 |
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Selecting a Range：選取編輯範圍 |
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步驟： |
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用滑鼠把想要編輯的範圍框起來即可。或是點選Edit，按Select Range，輸入編輯範圍開始和結束的序列編碼(例start:13,end:100)，然後按apply。被選定的序列範圍Sequence Editor 會以藍色highlight起來。 |
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Cutting, Copying or Pasting a Range序列的剪接與剪貼 |
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步驟：點選Edit，按Cut，或按Copy，或按Paste即可。 |
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Performing Functions Specific to Nucleic Acid Sequences：核酸序列的組合、轉譯與互補序列轉換 |
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步驟： |
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i |
選擇要編輯的核酸序列 |
ii |
在Edit Sequence 畫面中間勾選Enable multiple selections |
iii |
選取一個或多個序列範圍 |
iv |
點選Edit 按Functions，視需要執行下列功能： |
 按Assemble組合所有選取的範圍成為一個新的序列， |
| 按Translate將nucleotide序列轉譯為amino acid序列， |
| 按Reverse Complement 將序列中A-T, C-G互換得到互補序列， |
v |
在各個功能相對應的視窗輸入檔名、description(可省略)後，按Add to Project將新的序列存檔。 |
vi |
或按Cancel取消。 |
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Working with Sequence Features序列特徵的美工編輯 |
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步驟： |
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i |
加入序列特徵：點選Feature 再選 Add Feature， 選擇shape,color以及說明文字(如enhancer, TATA Box 等，可省略)，按Save。此時要refresh畫面才會看到加入的feature。方法是用滑鼠在序列框頁空白處點一下，即可在圖示區看到加入的feature。 |
ii |
刪除序列特徵：在圖示區已加入的feature圖形上點一下（此時圖的四周出現框線），點選Feature 再選 Delete Feature。 |
iii |
編輯序列特徵：在圖示區已加入的feature圖形上點一下（此時圖的四周出現框線），點選Feature 再選 Edit Feature，接著選擇shape, color以及說明文字(如enhancer, TATA Box 等，可省略)，按Save。同步驟1之refresh方法，即可在圖示區看到改編後的feature。 |
iv |
檢視ORFs：此功能限於核酸序列。只要在Edit Sequence 頁面中間勾選ORF即可切換至ORF的圖示頁面。使用者可以用左、右箭號選Cutoff值，按Set Cutoff 後就只有高於cutoff值的ORF會顯示在畫面上。ORF頁面也有放大鏡功能。 |
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Project管理 |
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Sequence Manager的Project 功能主要是方便使用者管理檔案。使用者可以依照不同工作類別，把序列檔案存放在不同的project中。Project功能最大的特色是可以分享從事同一序列分析工作，但為不同帳號之使用者，亦即說一個project可以有共用的會員(project members)。如果您使用的SeqWeb未開放Project功能，則使用Default Project即可。國衛院提供的SeqWeb服務於建立帳號時並未設定具有project功能，如有需要使用者可E-mail至 bioinfo@nhri.org.tw提出申請。 |
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進入Project Manager |
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步驟 |
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Login SeqWeb主網頁後點選左邊Managers選項 |
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點選左下方Sequences，進入Sequence Manager 畫面 |
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在Sequence Manager 頁面點選Project再選Project info即可看到Project的基本資料，其中包括Project名稱、Project description，以及共用同一個Project的會員(Project members)姓名。 |
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Project管理功能操作 |
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選取Project：至Sequence Manager頁面，用滑鼠按Project欄右方箭號，於Project選單選擇所需要的Project即可，此時Project中的檔案會顯示在序列檔案清單中。 |
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新增Project：點選Project再選Create，輸入新增Project名稱、description（可省略），及會員姓名（可省略），按OK。輸入新增Project名稱前請務必先看一下系統中已經存在的Project名稱 (View Project names) ，以避免重複命名。 |
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修改Project 基本資料：選取一個Project，點選Project再選Modify，修改Project description（可省略）或修改會員姓名（可省略），按OK。Modify畫面會顯示所有user姓名供Project管理人選取會員，只要在姓名處按一下即可選取，再按一下即取消。 |
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指定Project 管理人(moderator)：Project管理人可以修改Project 基本資料、指定其他Project管理人，以及刪除Project。系統會內定新增Project的人為Project管理人。指定步驟如下：選取一個Project，然後點選Project再選Assign Moderators，在Moderator欄點選moderator，按OK。 |
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Email Project：選取一個Project，然後點選Project按Send E-mail，輸入Email主題和description（可省略），在Project會員中點選收件人，按OK送出E-mail，或按Cancel取消。 |
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刪除Project：選取一個Project，然後點選Project按Delete，按OK，即刪除Project。只有Project管理人可以刪除Project。 |
